Начатки службы рыбоохраны существовали ещё в царской России – для контроля за промыслом красной рыбы в районах её лова. Например, в 1747 году в целях распределения мест лова осетровых и защиты от посягательств на рыбодобычу сторонних лиц в Астрахани была организована «Рыбная контора», а в 1803 году там же – рыбная инспекция, и впервые в России было введено «Особое положение по организации рыболовства» для Каспийского бассейна.
После Октябрьской революции 1917 года уже советское правительство, понимая необходимость контроля за использованием природных ресурсов страны, принимало соответствующие декреты и нормативные акты. В том числе были установлены и правила, регламентировавшие порядок эксплуатации водоёмов.
Но начало формированию современной системы государственных органов рыбоохраны было положено лишь в начале 1930-х годов. 7 апреля 1934 года Приказом Народного комиссариата снабжения СССР №967 был образован Главрыбвод – в целях охраны рыбных запасов и контроля за рациональным использованием сырьевых рыбных ресурсов. Новая служба получила название «Главное управление регулирования рыболовства, рыбоводства и рыбохозяйственной мелиорации» (Главрыбвод) и подчинялась непосредственно Наркомату снабжения СССР.
Сегодня основными задачами службы рыбоохраны являются охрана водных биологических ресурсов, регулирование рыболовства и контроль за промыслом на водоёмах России, обеспечение воспроизводства водных биоресурсов, охрана среды обитания рыб и других водных животных и растений, а также выявление и пресечение нарушений законодательства в области рыболовства и сохранения водных биоресурсов.